با پایان جام جهانی، برانکو هدایت تیم هانوفر آلمان را بر عهده گرفت. پس از حضور بلاژویچ در تیم ملی فوتبال ایران، بار دیگر این مربی به عنوان دستیار در کنار بلاژ قرار گرفت؛ تیم ملی ایران با بلاژویچ در راهیابی به جام جهانی 2002 ناکام ماند و با وجود این ناکامی، فدراسیون وقت خواستار ادامه همکاری با مربیان کروات، اما بلاژویچ از هدایت تیم ایران کنار کشید و فدراسیون فوتبال با برانکو وارد گفت‌وگو شد. بسیاری موفقیت‌های بلاژویچ در تیم ملی کرواسی را منتسب به برانکو دانسته و معتقد بودند که وی با علم روز فوتبال آشنا بوده و تمرین دهنده خوبی است.
قهرمانی آسیا و راه یابی به جام جهانی
برانکو کارش را در فوتبال ایران با هدایت تیم ملی امید آغاز کرد و توانست این تیم را به مقام قهرمانی بازیهایی اسیایی 2002 بوسان کره جنوبی برساند و در ادامه نیز موفق شد تیم ملی بزرگسالان را به جام جهانی برساند . در مقدماتی جام جهانی 2006 تیم ملی ایران که در دور نخست با تیمهای قطر، لائوس و اردن هم ‌گروه بود، به عنوان تیم نخست به دور بعدی راه یابد و در مرحله بعد با ژاپن، کره شمالی و بحرین در یک گروه قرار گرفت و با پیروزی برابر بحرین صعود مقتدرانه ای به جام جهانی 2006 داشت. در جام جهانی و پس از شکست 3-1 برابر مکزیک، 2-0  در برابر پرتغال و تساوی یک- یک با آنگولا و حذف ایران از رقابتهای جام جهانی علی آبادی مسئول وقت تربیت بدنی کشور دادکان را برکنار کرده و برانکو نیز که حامی اصلی خود را از دست داده بود ترجیح داد که قید 8 ماه باقیمانده قرارداد خود با تیم ملی ایران را زده و به کشورش باز گردد.
دبل قهرمانی با زاگرب
برانکو بعد از تیم ملی ایران هدایت تیم‌های دیناموزاگرب را برعهده گرفت و این تیم پزطرفدار و پر افتخار کرواسی را که در سال 2006 شرایطی مشابه پرسپولیس لیگ چهاردهم داشت و در آن سال نتایج خوبی نمی‌گرفت به اوج بازگرداند. برانکو  در 28 بازی متوالی بدون باخت موفق شد، این تیم را قهرمان تیم کرواسی کند و جالب اینجاست که در همان سال این تیم بحران‌زده به جز قهرمانی لیگ توانست قهرمان جام حذفی کرواسی هم شود. دینامو با برانکو در لیگ قهرمانان اروپا موفق به صعود از گروه خودش شد، اما در مرحله حذفی از این مسابقات کنار رفت. علیرغم این موفقیتها برانکو اما به شیوه عجیبی از این تیم رفت. در بازی سنتی نمایشی میان دینامو زاگرب و هایدوک تیم دینامو شکست خورد و مامیچ مدیر باشگاه در اقدامی عجیب برانکو ایوانکوویچ را به دلیل این شکست به باد فحاشی گرفت و همین موضوع باعث شد تا سرمربی اسبق تیم ملی ایران عطای کار در این باشگاه را به لقایش ببخشد و از این تیم جدا شود.
شاندونگ؛ از قهرمانی تا اخراج
برانکو بعد از جدایی از دینامو زاگرب  در سال 2010 بار دیگر راهی آسیا شد و هدایت تیم شاندونگ چین  را برعهده گرفت. او در همان سال موفق شد این تیم را با 63 امتیاز و در فاصله 13 امتیازی با تیم دوم به قهرمانی برساند. در پایان فصل اما  بدون هماهنگی با برانکو بازیکنان خارجی و چینی تیم شانگدونگ از این تیم کنار گذاشته شدند و به جای آنها بازیکنان بی‌کیفیت جذب این تیم شدند، به طوری که شانگدونگ در ادامه راه نتوانست به موفقیت برسد و سپس برانکو از این تیم به صورت توافقی جدا شد.
حضور ناموفق در کشورهای عربی
ایوانکوویچ سپس به لیگ عربستان رفت و سرمربیگری تیم الاتفاق این کشور را در اختیار گرفت و به درخواست مسئولان باشگاه در این تیم دست به جوانگرایی زد و توانست الاتفاق را به مقام چهارمی لیگ عربستان و نائب قهرمانی جام حذفی این کشور برساند، اما با فشار بازیکنان مسن کنار گذاشته توسط برانکو به باشگاه، زمینه برای برکناری این مربی کروات مهیا شد و پس از باخت الاتفاق به استقلال در تهران در بازی پلی‌آف لیگ قهرمانان آسیا و به این بهانه که چرا برانکو همراه با الاتفاق به تهران نیامده او را از سمتش برکنار کردند اما برانکو می‌دانست که به دلیل بدهی مالیاتی در ایران در صورتی که وارد کشورمان شود دیگر نمی‌تواند از ایران خارج شود.
  وی  سپس به الوحده امارات رفت اما  رفتار غیر حرفه ای مدیران این باشگاه و دخالت‌ها و درخواست‌های‌ عجیب آنها برای اضافه کردن چند بازیکن تمرکز پروفسور را برهم زد و باعث کسب نتایج ضعیف و ناکامی  این تیم در لیگ امارات شد و جدایی برانکو را به همراه داشت.
بازگشت دوباره به دینامو
ایوانکوویچ سپس به کشورش برگشت و بار دیگر به عنوان سرمربی در تیم دینامو زاگرب مشغول به فعالیت شد،  اما در چهارماهی که برای دومین بار این تیم را در اختیار گرفت به دلیل عدم حضور بازیکنان باکیفیت نتوانست نتایج درخشان گذشته را تکرار کند و در نهایت نیز از این تیم نیز جدا شد.
متحول کردن پرسپولیس بحران زده
در نهایت برانکو که سابقه درخشانی از خود در فوتبال ایران به جای گذاشته و در سالهای گذشته بارها پیشنهاداتی به او از سوی تیم ملی و تیمهای باشگاهی فوتبال ایران ارائه شده بود طی توافق با باشگاه پرسپولیس در اواسط فصل چهاردهم به  این تیم آمد و هدایت پرسپولیسی را که روزهای بحرانی را پشت سر می گذاشت و 2 مربی و 7 مدیر را در طول فصل عوض کرده و در میانه های جدول لیگ قرار داشت پذیرفت.  برانکو در 6 بازی پایانی لیگ سال چهاردهم 2 برد، 2 مساوی و 2 باخت به دست آورد و توانست در هفته آخر رقیب سنتی را در دربی شکست دهد و پرسپولیس را در رقابتهای آسیایی از گروه خود بالا ببرد. در نهایت لیگ چهاردهم با حذف از آسیا برای برانکو به پایان رسید.

برانکو در فصل پانزدهم شروع بد و پایانی درخشانی با پرسپولیس داشت. سرخپوشان لیگ را با یارگیری ضعیف در نقل و انتقالات، عدم نتیجه گیری در هفته های نخست و اشتباهات بیشمار داوری علیه خود آغاز کردند. با وجود اینکه پرسپولیس در 4 هفته ابتدایی با هدایت برانکو تنها یک امتیاز گرفت اما فوتبال زیبا و هجومی شاگردان این مربی سبب شد تا هواداران پرسپولیس از همان ابتدا از این مربی حمایت کرده و با اعتقاد راسخ به وی پشتیبان تیم محبوبشان باشند . در نهایت نیز درایت برانکو و تلاش بازیکنان در سایه حمایتهای هواداران جواب داد و پرسپولیس از رده های انتهایی به رتبه های بالایی جدول رسید و حتی مدعی قهرمانی شد.  تیم برانکو در بازی برگشت دربی با شکست سنگین 4-2 رقیب سنتی بعد از45 سال بار دیگر این تیم را 4 تایی کند.  پرسپولیس تا هفته پایانی در کورس قهرمانی بود و کارشناسان این تیم را شانس نخست قهرمانی می دانستند اما در هفته پایانی مسابقات  گل های خورده پرسپولیس کار دست این تیم داد و سرخپوشان علیرغم برتری مقابل راه آهن به دلیل تفاضل گل کمتر، قهرمانی را به استقلال واگذار کردند.

لیگ شانزدهم برای برانکو و پرسپولیس متفاوت از دو فصل گذشته آغاز شد و این تیم در همان هفته های نخست نشان داد که با درس گرفتن از اتفاقات فصل گذشته آمده تا از همین ابتدای لیگ با جمع آوری امتیازات، قهرمانی را به روزهای آخر موکول نکند. پرسپولیس نیم فصل را با قهرمانی به پایان برده و در ادامه روند درخشان خود نیم فصل دوم را هم با اقتدار آغاز کردند و تاکنون که بیست و دو هفته از مسابقات لیگ شانزدهم سپری شده با یک بازی کمتر و 6 اختلاف امتیاز با تیم تراکتورسازی در رده نخست قرار دارند. اوج درخشش پرسپولیس در این فصل برتری 3 بر صفر مقابل تراکتورسازی بود.برانکو در این فصل با پرسپولیس صاحب چند رکورد ویژه هم بوده که از جمله آنها می توان به آمار فوق العاده این تیم در خط دفاعی اشاره کرد که با 9 گل خورده صاحب برترین خط دفاع لیگ شانزدهم است.پرسپولیس اگر بتواند در 4 بازی از 8 دیدار باقی مانده دروازه اش را بسته نگه دارد می تواند صاحب عنوان برترین خط دفاع تاریخ لیگ شود.علاوه بر آمار قابل توجه خط دفاعی تیم برانکو در این فصل باید به عملکرد درخشان این مربی به همراه سرخها در بازیهای خانگی اشاره کنیم. پرسپولیس در 11 بازی خانگی برگزار شده در این فصل بدون باخت و با 9 پیروزی و کسب 29 امتیاز و دریافت تنها دو گل یک عملکرد فوق العاده را از خود به جای گذاشته است.  تیم پرسپولیس در مسابقات این فصل لیگ قهرمانان آسیا هم مدعی بوده و در بازی نخست خود برابر تیم قدرتمند و پرستاره الهلال در حالی که تا دقایق پایانی با یک گل از حریف پیش بود، مقابل این تیم به تساوی دست پیدا کرد.

برانکو که  سومین سال حضورش روی نیمکت پرسپولیس را سپری می کند، علاوه بر قهرمانی لیگ، امید هواداران را برای درخشش دوباره این تیم در آسیا بسیار  زنده کرده است. این مربی با ورودش به پرسپولیس توانسته این تیم را دچار تحول کند و پرسپولیس را که در سالیان اخیر با حواشی و بحران های متعددی مواجه بود به آرامش و ثبات برساند و مدعی کند .برانکو در 68 مسابقه ای که تاکنون هدایت پرسپولیس را برعهده داشته است، 128 امتیاز برای این تیم بدست آورده است. در کارنامه برانکو در 3 فصل اخیر  37 برد، 12 باخت و 18 مساوی دیده می شود. تیم برانکو 96 گل زده و  59 گل نیز دریافت کرده  که این نشان از تفکرات تهاجمی این مربی دارد.

 پرسپولیس با برانکو بار دیگر در فوتبال ایران و آسیا قدرت گرفته و با بازی های زیبای و هجومی که این تیم از خود به نمایش می گذرد شور و شوق به قلب هواداران پرسپولیس بازگشته است. طرفداران پرسپولیس آنچنان از کار این مربی رضایت دارند و به وی علاقمند هستند که در همه بازیهای پرسپولیس در چند فصل اخیر از زمان حضور این مربی حضوری پررنگ و پرشور در مسابقات داشته اند و حتی در روزهایی که پرسپولیس ناکام بود هم از تیم برانکو قطع امید نکردند. در سالهای گذشته کمتر دیده شده که هواداران بعد از از دست رفتن قهرمانی و یا شکست در دربی تیم و بازیکنان را مورد تشویق قرار دهند اما عملکرد درخشان برانکو و نقش پررنگ این مربی در افزایش کیفیت فنی بازی پرسپولیس و نتایج قابل قبول پرسپولیس باعث آن شد که این تیم هویت از دست رفته خود را پیدا کند و همان پرسپولیس زلزله و پرطرفدار باشد و هواداران با تیم محبوب خود آشتی دوباره ای داشته باشند.

شیوا دورانگر