اولین بازی حسین ماهینی با پیراهن پرسپولیس در آبادان و برابر صنعت نفت آبادان رقم خورد. تیم تحت هدایت مانوئل ژوزه توانست در آبادان با یک گل به برتری دست یابد تا شروع او با کسب سه امتیاز باشد. اولین حضور او در استادیوم آزادی اما با پیراهن پرسپولیس با شکست برابر تیم فجرسپاسی با نتیجه 3 بر 2 بود. 

حسین ماهینی در دهمین حضور خود در ترکیب پرسپولیس موفق به برتری مقابل آلومینیوم هرمزگان در استادیوم آزادی شد. تیمی که با توجه شرایط نوسانی نتایج خود به شدت تحت فشار قرار داشت و دهمین بازی ماهینی دومین پیروزی آنها را در فصل به همراه داشت. 

حسین ماهینی در سی‌امین بازی خود با پیراهن پرسپولیس برابر صبای قم قرار گرفت و در جدال بعد از آن موفق شد مقابل داماش گیلان اولین گل خود را به ثبت برساند. گلی از روی نقطه پنالتی تا نام او نیز در جمع گلزنان این تیم در تاریخ لیگ برتر قرار گیرد.

ماهینی در سی‌امین بازی خود با پیراهن پرسپولیس در تبریز برابر تراکتورسازی با نتیجه 3 بر 1 شکست خورد. این بازی در این مدت 2 تساوی بدون گل در دربی را نیز پشت سر گذاشت تا همچنان طعم پیروزی و برگزاری جشن شادی گل برابر استقلال را نچشیده‌ باشد. 

عبور از لیگ پرمخاطره‌ی دوازدهم با موفقیت‌های آنها در فصل سیزدهم همراه بود. ماهینی در چهلمین بازی لیگ برتری خود با پیراهن پرسپولیس توانست برابر راه آهن به پیروزی دست یابد. 

 شماره 13 سرخپوشان در پنجاهمین بازی خود با پیراهن این تیم در لیگ برتر موفق شد برابر سپاهان در استادیوم آزادی به برتری 2 بر صفر دست یابد و بعد از مدت‌ها زردپوشان را با شکست بدرقه کنند.

 60امین حضور ماهینی با پیراهن پرسپولیس در لیگ برتر با تقابل برابر تراکتورسازی در استادیوم آزادی همراه بود. دیداری که البته با گل دقایق ابتدایی محسن بنگر در نیمه اول به سود سرخپوشان تهرانی خاتمه یافت و در نیمه اما ابتدا با اشتباه فاحش مکانی و یک گل بخودی توسط این دروازه بان و بعد از آن با گل‌های ادینیو و نریمان جهان با شکست 3 بر 1 پرسپولیس به پایان رسید. این شکست اما با خبرهای التهاب‌آوری بعد از آن برای او به همراه بود. دو هفته بعد از این بازی او به دلیل مشکلات سربازی از بازی منع شد و مجبور شد فصل بعد را برای بازی راهی ملوان بندرانزلی شود. 

بازگشت به تهران و پوشیدن دوباره‌ی پیراهن شماره 13 پرسپولیس و در نهایت گلزنی در هفتادمین بازی‌شان برای سرخپوشان. او از روی نقطه پنالتی بار دیگر موفق شد برای پرسپولیس گلزنی کند و البته یک پیام جالب توجه هم داشته باشد. ماهینی بعد از پشت سر گذاشتن روزهای تلخ گذشته، جشن شادی گل خود را اختصاص به خبر پدر شدنش داد.

حسین ماهینی که در کنار دیگر مدافعان پرسپولیس روزهای خوبی را در خط دفاعی پشت سر می‌گذاشت، در هشتادمین بازی خود با پیراهن این تیم برابر گسترش فولاد به برتری یک بر صفر دست یافت تا شرایط کاملا متفاوت با دوره‌ی اول حضورش در این تیم باشد.

مقابل تیم سابق نودمین حضور حسین ماهینی با پیراهن پرسپولیس برابر ذوب آهن رقم خورد. جایی که او و تیمش تحت فشار شدید از سوی هواداران قرار داشتند و ماجرای مربوط به اعتصاب آنها باعث واکنش هواداران شده بود. آنها در دقایق ابتدایی از حریف با نتیجه 3 بر 1 عقب افتادند اما در بازگشتی جالب توجه توانستند نتیجه را 3 بر 3 به تساوی بکشاند. 

ماهینی در صدمین بازی خود با پیراهن پرسپولیس توانست اولین پیروزی در دربی را بچشد. ماهینی که اکنون عنوان کاپیتان دوم پرسپولیس را در اختیار دارد و در این مدت توانسته یک قهرمانی در لیگ برتر و یک سوپرکاپ را به خود اختصاص دهد.