او به تهران آمد و در اولین بازی مقابل سپاهان، در روزی که شاگردانش از حریف پیش افتادند و به زعم کارشناسان داوری، یک پنالتی هم روی طارمی دیده نشد اما در نهایت بازی به نفع سپاهان به پایان رسید. 4 بازی بعدی در لیگ چهاردهم نیز با یک پیروزی، یک شکست و دو تساوی به پایان رسید و سرخ ها در لیگ قهرمانان هم 2 برد و یک باخت را با برانکو تجربه کردند تا زمان آماده سازی برای حضور در لیگ پانزدهم فرا برسد.

 شاگردان ایوانکوویچ در لیگ پانزدهم 16 بار پیروز شدند، 9 تساوی به دست آوردند و 5 مرتبه نیز طعم تلخ شکست را چشیدند. آن ها در جام حذفی از مرحله یک شانزدهم و یک هشتم عبور کردند اما در یک چهارم نهایی مغلوب ذوب آهن اصفهان شدند. 

 فصل بعد، پرسپولیس در لیگ قهرمانان آسیا هم حضور داشت و هواداران این تیم به کمتر از قهرمانی در لیگ راضی نمی شدند. قرمزها در لیگ با 20 پیروزی، 6 تساوی و 4 شکست قاطعانه به مقام قهرمانی رسیدند اما در جام حذفی و در همان اولین مرحله، با تساوی در وقت قانونی در ضربات پنالتی به قشقایی باختند. در آسیا، سهم پرسپولیس 4 برد، 2 باخت و شش تساوی بود؛ دو شکست آن ها به بازی مرحله گروهی مقابل الریان و نیمه نهایی برابر الهلال مربوط می شود. 

 این فصل، پرسپولیسی ها به 18 برد لیگ برتری، 6 تساوی و 3 باخت رسیده اند. سرخپوشان پایتخت در جام حذفی به 2 برد و یک مساوی (باخت در پنالتی) دست یافتند و در آسیا، صاحب 3 پیروزی، 1 شکست و یک تساوی شدند. 

 کارنامه برانکو ایوانکوویچ با پرسپولیس در مجموع: 

 لیگ برتر: 92 بازی (55 برد، 23 تساوی، 12 باخت)

 جام حذفی: 7 بازی (4 برد، 2 تساوی، 1 باخت) 

آسیایی: 20 بازی (9 برد، 7 تساوی، 4 باخت)