کاپیتان اول آبی‌پوشان از مصدومیت بی‌نصیب نبوده است. رحمتی در مقعطی از فصل از ناحیه زانو دچار آسیب‌دیدگی شد و به همین دلیل حداقل یک بازی مقابل فولاد خوزستان را از دست داد. حتی اگر نبود بحث محرومیت سید حسین حسینی به دلیل سه‌اخطاره شدن بعید نبود که کادر فنی استقلال در دربی هم به همین دلیل از وجود او استفاده نکند. 

آن روزهایی که هواداران استقلال هجمه‌های سنگینی بر علیرضا منصوریان وارد می‌کردند که چرا از حسینی در درون دروازه استفاده نمی‌کند، این بازیکن با مصدومیت از ناحیه مچ دست راست مواجه بود و به همین دلیل شرایط حضور در درون دروازه تیمش را نداشت. مصدومیت سنگربان جوان و ملی‌پوش استقلال بر خلاف همتای کهنه‌کارش به جای پا، از ناحیه دست بود.

ملی‌پوش انرژیک آبی‌پوشان در ابتدای فصل با مصدومیت از ناحیه عضله دوقلوی پای راست مواجه شد که این مصدومیت در مقطعی او را مشتری کلینیک فیزیوتراپی کرد و منجر به این شد که خسرو حیدری به جای او در ترکیب قرار گیرد. وریا در آخرین بازی آبی‌پوشان در سال ۹۶ هم که یک بازی آسیایی بود اندکی آسیب دید و یک نیمه کامل بازی مقابل العین را از دست داد. 

مصدومیت هر دو مدافع راست تیم استقلال کاملا شبیه به هم بود و هر دو از ناحیه عضله دوقلوی پای راست در مقاطع مختلفی از این فصل آسیب دیدند. خسرو حیدری البته مدت‎هاست با این مصدومیت کهنه دست و پنجه نرم می‌کند و هر از گاهی این مصدومیت مانع از حضور در بازی‌ها و تمرینات شده و او را مشتری دکتر نوروزی و کلینیک فیزیوتراپی‌اش می‌کند. حیدری نیز در این مقطع تعدادی از بازی‌های تیمش را به دلیل همین مصدومیت از دست داد. 

اپیدمی‌ترین مصدومیتی که در این فصل گریبان بازیکنان استقلال را گرفت آسیب‌دیدگی از ناحیه عضله دوقلو بود. میلاد زکی‌پور هم یکی دیگر از بازیکنان این تیم بود که با این آسیب‌دیدگی مواجه شد. شدت آسیب‌دیدگی زکی‌پور به مراتب بیشتر از غفوری و حیدری بود و او تعداد نسبتا زیادی از بازی‌های تیمش را به دلیل همین آسیب‌دیدگی از دست داد. 

 * سیدمجید حسینی؛ تاندون کف پا

 اولین باری که مدافع آخر آبی‌ها از ناحیه کف پا احساس درد شدید کرد قبل از دربی۸۶ بود. بی‌تردید اگر تلاش‌های شبانه‌روزی دکتر نوروزی معاون پزشکی باشگاه استقلال و دکتر مریم محمدی فیزیوتراپ خبره و کارکشته این باشگاه نبود حسینی یکی از غایبان بزرگ دربی بود. اما این آسیب‌دیدگی سرانجام در آخرین دقایق دیدار آسیایی این تیم مقابل العین خودش را در امارات خودش را نشان داد تا این بازیکن هم چند دقیقه پایانی بازی را از دست بدهد و هم در بازی برگشت دو تیم در تهران غایب بزرگ تیمش باشد.

 * روزبه چشمی؛ مچ پا 

مدافع میانی و ملی‌پوش تیم استقلال دو بار بازی‌های تیمش را به دلیل سه اخطاره شدن از دست داد و یکبار هم به دلیل مصدومیت. آن هم از ناحیه مچ پا. 

 اولین مصدومیت سنگین این فصل آبی‌پوشان نصیب پژمان منتظری شد. این بازیکن در جریان یکی از تمرینات تیمش از ناحیه کتف دست چپ دچار آسیب‌دیدگی شدید شد و به ناچار دست خود را به تیغ جراح سپرد. منتظری یکی از مصدومان طولانی‌مدت تیم استقلال در سال ۹۶ بود و نخستین بازیکنی بود که در این فصل تحت عمل جراحی قرار گرفت. 

بی‌تردید پادوانی سنگین‎ترین و عجیب‌ترین مصدوم تیم استقلال در سال ۹۶ بود. او در جریان دیدار تیمش مقابل فولاد از ناحیه گردن و سر دچار چنان مصدومیت شدیدی شد که به صورت اورژانسی در اهواز تحت عمل جراحی قرار گرفت. پادوانی همچنان در بیمارستان بستری است و پس از جراحی که روی گردن داشت آماده جراحی روی جمجمه می‌شود. پادوانی قبل از این اتفاق در ابتدای فصل هم از ناحیه همسترینگ آسیب دید و به همین دلیل تعدادی از بازی‌های این تیم را از دست داد. 

مدافع جوان و ملی‌پوش تیم استقلال هم به رغم قدرت بدنی خوبی که دارد از مصدومیت‌های این فصل بی‌بهره نماند. این بازیکن جوان در مقطعی از فصل با آسیب‌دیدگی شدید از ناحیه مچ پای راست مواجه شد و به ناچار به جای تمرین و بازی مشتری پر و پا قرص کلینیک فیزیوتراپی آبی‌پوشان شد. 

 مدافع جوان آبی‌پوشان هم یکی از معدود نفرات این تیم است که در سال ۹۶ آسیب ندید. اما سهرابیان نقش مهمی در آسیب‌دیدگی شدید و عجیب پادوانی داشت. مدافع برزیلی آبی‌ها در اهواز بر اثر برخورد با سهرابیان دچار این آسیب‌دیدگی شدید شد.

ابراهیمی فصل را با مصدومیت آغاز کرد. او قبل از آغاز فصل عضله آسیب‌دیده زیر شکمش را به تیغ جراح سپرد و به همین دلیل ۷ هفته ابتدای فصل را به دلیل آسیب‌دیدگی از دست داد. آبی‌پوشان بیشترین ضرر را هم در همین هفته‌ها متحمل شدند و بیشترین امتیازات را درست در همین هفته‌ها که ابراهیمی نبود از دست دادند. بیشترین غرامت را هم بابت غیبت امید ابراهیمی سرمربی سابق آبی‌ها، علیرضا منصوریان پرداخت کرد. 

هافبک باتجربه و ازبکستانی آبی‌پوشان هم از مصدومیت بی‌بهره نماند. این بازیکن هم به دلیل آسیب‌دیدگی از ناحیه همسترینگ یکی دو بازی تیمش را از دست داد و در ایامی مشتری کلینیک فیزیوتراپی شد. فرشید باقری؛ مچ پای راست و همسترینگ بازیکنی که در ماه‌های آخر سال ۹۶ ستاره بی‌چون و چرای آبی‌پوشان بود، در هفته‌های ابتدایی فصل ابتدا از ناحیه مچ پای راست و سپس از ناحیه عضله همسترینگ دچار آسیب‌دیدگی شد و مقطعی از فصل را از دست داد در تعدادی از بازی‌های این تیم غیبت داشت.

 هافبک میانی آبی‌پوشان هم یکی از معدود بازیکنان استقلال بود که در فصل ۹۶ آسیب ندید. 

بازیکن تکنیکی و شیرازی تیم استقلال از ناحیه کشاله ران آسیب دید و شدت این آسیب‌دیدگی به حدی بود که او را از حضور در یک بازی محروم کند. 

همانطور که گفتیم آسیب‌دیدگی از ناحیه عضله دوقلو شایع‌ترین آسیب‌دیدگی در بین بازیکنان استقلال بود و جابر انصاری هم یکی از بازیکنانی بود که مدت زیادی با این آسیب‌دیدگی مواجه بود. آسیب‌دیدگی انصاری به حدی بود که تقریبا در همه مدت فصل کم و زیاد با آن دست و پنجه نرم کرد. این آسیب‌دیدگی به طور کامل از بین نرفت و فقط شدت آن کم و زیاد می‌شد. 

مهاجم سابق آبی‌پوشان که تنها یک نیم‌فصل برای این تیم بازی کرد، بازی‌های نسبتا زیادی را در همین نیم‌فصل از دست داد. شهباززاده از ناحیه انگشت شصت پای راست دچار آسیب‌دیدگی جدی شد و به ناچار ۵ بازی این تیم را به همین دلیل از دست داد.

 قربانی فصل را با آسیب‌دیدگی از ناحیه مچ دست راست آغاز کرد و این آسیب‌دیدگی هنوز هم به طور کامل رفع نشده است. اما این مهاجم بلندقامت در طول فصل از ناحیه مچ پای چپ هم دچار آسیب‌دیدگی شد و در مقطعی از فصل به همین دلیل بازی‎‌های تیمش را از دست داد. 

 کبد مهاجم جوان آبی‌پوشان نه در جریان تمرین آسیب دید و نه در جریان بازی. او در یک سانحه رانندگی دچار جراحات زیادی شد و شدت این جراحت به حدی بود که پزشکان ناچار به انجام عمل جراحی روی کبد او شدند. قائدی حداقل این فصل را تا پایان از دست داده است. 

 با دو جراحی هیچ بازیکنی به اندازه محسن کریمی در تیم استقلال آسیب ندید. او با دو عمل جراحی در یک فصل رکورد عجیبی از خود به جای گذاشت. کریمی دو آسیب‌دیدگی جدی از ناحیه کتف دست راست و رباط صلیبی پای چپ را با عمل جراحی پشت سر گذاشت. اما او به جز این دو آسیب‌دیدگی سنگین که ناچار به انجام عمل جراحی روی آن شد، با یکسری آسیب‌دیدگی‌های جزیی‌تر دیگر مثل همسترینگ، عضله زیر شکم، مچ و عضله دوقلو مواجه بود. 

 به قول دکتر امین نوروزی معاون پزشکی آبی‌پوشان مصدومیت بهنام برزای یکی از عجیب‌ترین مصدومیت‌هایی بود که یک فوتبالیست با آن می‌تواند مواجه شود. همسترینگ این بازیکن به صورت همزمان از سه منطقه دچار پارگی شد تا این بازیکن هم که در نیم‌فصل دوم به جمع آبی‌پوشان اضافه شده بود چند بازی این تیم در پایان سال را از دست بدهد. 

مهاجم تیم استقلال که خیلی‌ها او را بهترین خرید این فصل می‌دانند، بعد از محبوبیت زیادی که در تیم کسب کرد در دیدار مقابل العین دچار آسیب‎دیدگی از ناحیه عضله همسترینگ شد تا حتی این بازیکن جدید آبی‌ها هم از مصدومیت بی‌نصیب نماند و به این ترتیب کلکسیون مصدومیت‌های این تیم را تکمیل کرد. 

 البته این‌ها همه مصدومیت‌های آبی‌پوشان نبود. در این بین بودند تعدادی دیگر از بازیکنان که آسیب دیدند و شرایط بازی را از دست دادند، اما عملا چون در بین بازیکنان اصلی نبودند این آسیب‌دیدگی و دور شدن از شرایط مسابقه به چشم نیامد. فردین نجفی و عظیم گوگ از جمله این بازیکنان بودند. 

و نکته آخر این که شاید استقلالی‎ها تصور می‌کردند تعداد مصدومان تیم‌شان کم است که اقدام به خرید یک بازیکن مشکوک به مصدومیت قبل از عقد قرارداد به اسم بویان بودند تا مبادا بیلان کار کلینیک فیزیوتراپی این تیم پایین بیاید.