علی دایی در زمان مدیریت محمد رویانیان و در سال 1392 با قراردادی سه ساله هدایت پرسپولیس را به عهده گرفت. او تیم را در اولین سال نایب قهرمان لیگ برتر کرد؛ اما در دومین سال و بعد از گذشت شش هفته از رقابت های لیگ برتر علی دایی توسط مدیرعامل جدید آن وقت حمیدرضا سیاسی که جانشین محمد رویانیان شده بود به طرزی عجیب از کار برکنار و حمید درخشان جانشین او شد. اما برکناری علی دایی جدا از حواشی جدی اش یک چالش جدید هم برای باشگاه بدهکار و مقروض پرسپولیس به حساب می آمد، چرا که مبلغ بالای قرارداد او می توانست برای پرسپولیس دردسرساز شود. در همان زمان مدیریت باشگاه پرسپولیس قرارداد دایی را تا پایان فصل دوم تسویه کرد؛ اما مشکل زمانی پیدا شد که این باشگاه مالیات صدمیلیونی شهریار را نداد.

 کمیته انضباطی در رای صادره اش در رابطه با شکایت علی دایی از باشگاه پرسپولیس حق را به مربی سابق پرسپولیس داد و این باشگاه را به پرداخت سه و نیم میلیارد تومان محکوم کرد. 2 میلیاردو نیم از این مبلغ مربوط به قرارداد دایی در فصل آخر و یک میلیارد نیز برای مالیات که از سوی باشگاه پرداخت نشده بود. این 2.5 میلیارد مربوط به آخرین فصل حضور دایی در پرسپولیس است. او همانطور که گفته شد بعد از برکناری تا پایان سال دوم قراردادش با باشگاه تسویه کرد؛ اما صدمیلیونی که مالیات مبلغ قراردادش بود را برخلاف تصورش باشگاه نداد تا ماجرا پیچیده شود. دایی بعد از آنکه به دلیل عدم پرداخت مالیاتش توسط باشگاه حتی یک بار از کشور ممنوع الخروج شد برای مبلغ سومین سال قراردادش به کمیته انضباطی شکایت کرد و حکم گرفت. با این وصف 2.5 میلیارد طلب علی دایی از پرسپولیس به خاطر سومین فصل قرارداد او است که البته در پرسپولیس حضور نداشت و در صبای قم مربیگری می کرد.

 علی دایی بعد از جدایی از پرسپولیس تا پایان فصل در هیچ تیمی کار نکرد؛ اما در فصل بعد از آن به تیم صبای قم پیوست؛ اما وجود آئین نامه ای در سازمان لیگ این اجازه را به دایی داد که با وجود فعالیت حرفه ای در باشگاهی دیگر دستمزدش از پرسپولیس را پیگیری کند. در واقع براساس قانون یک مربی اگر بعد از برکناری در باشگاه دیگر مشغول به کار شده و دستمزد بگیرد دیگر نمی تواند دستمزدش از باشگاه قبلی را بگیرد؛ اما همانطور که گفته شد آئین نامه سازمان لیگ و خلاء قانونی موجود باعث شد تا دایی همزمان با فعالیت در صبا بتواند در کمیته انضباطی درباره طلب سال سوم قراردادش با پرسپولیس علیه این باشگاه حکم بگیرد. 

 علی دایی در پاسخ به مذاکره با علی اکبر طاهری می گوید:« دیدار ما در دادگاه...»! طاهری مدیرعامل باشگاه پرسپولیس در زمانی که بحث برگزاری دربی سرخابی در بیله فلد آلمان بود با علی دایی تماس می گیرد تا در این رابطه از او کمک بگیرد، دایی هم تمام تلاشش را برای کمک به باشگاه برای برگزاری این بازی انجام داده و تخفیف های لازم را هم می گیرد؛ اما وقتی طاهری می خواهد با دایی در رابطه با طلبش از باشگاه مذاکره کرده و از او تخفیف بگیرد، دایی در جواب مدیرعامل پرسپولیس می گوید که در این رابطه فقط در دادگاه صحبت خواهد کرد. 

 علی دایی ناراحت است که حاضر نیست راجع به این موضوع با علی اکبر طاهری حرف بزند. او حتی در صحبتی که با جعفرکاشانی رئیس هیات مدیره و پیشکسوت قدیمی و مورد احترام پرسپولیس حرف می زند نسبت به رفتارها و بی توجهی های باشگاه گلایه مند بوده است و البته انگار این پیر باشگاه پرسپولیس هم نمی تواند رضایت شهریار را برای کوتاه آمدن درباره مطالباتش بگیرد. دایی زمانی حاضر بود که با پرداخت مالیاتش که انگار بیش از صد میلیون تومان بوده است از مبلغ قراردادش با این باشگاه صرف نظر کند؛ اما وقتی بی توجهی مسئولان را دید برای مبلغ قرارداد سومین سالش هم اقدام کرد و حالا می تواند سه و نیم میلیارد از باشگاه پرسپولیس بگیرد. 

 علی دایی یکی از مردان پرافتخار و محبوب و یکی از اسطوره های باشگاه پرسپولیس است. مردی با انبوه افتخارات که پوشیدن لباس پرسپولیس در دوران بازی، مربیگری در آن و ابراز علاقه هایی که در سال های اخیر از قلب شهریار بیرون آمده اند دلایل کافی برای این موضوع هست که رابطه ای عمیق میان شهریار، پرسپولیس و هوادارانش شکل بگیرد و شاید این انتظارات را از دایی بالا می برد که نسبت به دریافت مطالباتش از باشگاه پرسپولیس به خاطر این باشگاه و هوادارانی که او را بسیار دوست می دارند انعطاف هایی را به خرج دهد. هرچند همه می دانند اتفاقاتی که برای دایی به خصوص در سال آخر حضورش در پرسپولیس رقم زدند به هیچ وجه در شان او نبوده و ممکن است هنوز تلخی اش در کام دایی باشد؛ اما امروز روز جدیدی است که شهریار در آن می تواند بار دیگر نقش قهرمانانه اش را ایفا کند.